许多动物实验都需要实验动物在相对固定的条件下进行，例如活体成像、开颅的脑功能研究等。一般情况下，动物都不会配合这些实验的开展，而且大部分的实验操作还会伴有疼痛感，而麻醉和镇痛技术为这些实验的开展提供了可能。不同的实验动物会因不同的生理属性而影响麻醉剂的作用效率。与大动物（猫狗甚至更大）相比，小鼠的身体尺寸小，对药物的代谢和排除更加迅速，降低了药物的半衰期，也会影响麻醉药物起效和维持的时间。

　　麻醉是一种无意识、镇静、肌肉松弛以及无反射的状态。目前，按照作用药物的种类可将麻醉分为注射式麻醉和吸入式麻醉。理想的麻醉剂应当具有易于操作、提供快速和充足的麻醉维持、没有副作用、可以逆转以及对动物和操作人员无害等特点。但是，这样的麻醉剂并不存在，的麻醉选择也需要根据不同实验的需求来确定。

　　目前，阿佛丁是小鼠实验中常用的注射类麻醉剂，它们经常会与诸如乙酰丙嗪、甲苯噻嗪、安定和一些镇静类药物联合使用；而异氟烷、地氟烷是吸入式麻醉中常用的麻醉剂。相比注射式麻醉，吸入式麻醉具有以下优点：（1）应用范围广，更加安全，尤其是针对深入和长时程麻醉实验；（2）心脏保护功能，提高肺部的免疫力；（3）吸入和消除都在肺部，极少被吸收，不会产生肝肾毒性；（4）苏醒快，适于短期麻醉，也利于更改麻醉策略，精确调控麻醉深度。与之相对的是，注射麻醉除了一些显而易见的优点外，其还存在着一些缺点：（1）选择一个合适的麻醉剂量是十分困难的，尤其是在不同麻醉剂的组合使用中，需要大量的摸索尝试；（2）恢复速度慢，不能在注射后立即苏醒，还需要使用逆转剂（解药）来解除麻醉状态；（3）无法精确控制麻醉深度；（4）对心率和呼吸速度都有显著的改变；（5）腹腔注射时还可能因为入针失误而误伤内脏。